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2020年新冠肺炎在全球大爆发，抗疫成了每个人共同的责任，抗疫工作也成为了每个单位的重点和日常，抗击新冠肺炎期间，深圳先进院综合档案室将档案工作贯穿于抗疫工作的始末，截至2020年12月31日，共收集本单位新冠肺炎抗疫档案共计202件，档案种类囊括声像类、照片类、文书类、新闻报道类等，并将其制作成为抗疫档案集锦视频，通过视频的形式来记录先进院人在抗疫之路中的坚韧与感动。目前，深圳先进院综合档案室对于新冠肺炎抗疫档案的收集还在持续进行中。
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